Zagrożenia związane z korzystaniem z aplikacji, które nie są podpisane lub korzystają z tzw. samopodpisu:
• brak gwarancji, że kod źródłowy aplikacji jest kodem domniemanego wydawcy oprogramowania – aplikacja może posiadać zintegrowany złośliwy kod, choć z pozoru będzie wyglądać tak, jak dotychczas;
• brak możliwości weryfikacji, czy plik wykonywalny pochodzi od wydawcy – każdy może wydać aplikację pod dowolną nazwą pliku wykonywalnego;
• obniżanie bezpieczeństwa systemu poprzez nieprzemyślane decyzje – statystyczny użytkownik widząc, że system lub oprogramowanie antywirusowe nie pozwalają uruchomić aplikacji ze względu na poziom zabezpieczeń wyłączy zabezpieczenia lub istotnie obniży ich próg kompromitując bezpieczeństwo stanowiska, a nawet całej sieci.