Niestety, mimo wielu zalet, e-US jest również źródłem wielu problemów i utrudnień. Aby korzystać z usługi należy posiadać moduł e-Komornik. To aplikacja, która służy do komunikacji z e-US i umożliwia przesyłanie dokumentów. Niestety, aplikacja ta nie została idealnie przygotowana do wdrożenia jej do kancelarii, co początkowo skutkowało szeregiem problemów i trudnościami związanych z jej obsługą. Kolejnym problemem jest generowanie formularzy, co często wymaga nie lada wysiłku ze względu na pojawiające się błędy przy ich generowaniu. Warto dodać, że błędy te nie są rzadkością, a ich naprawienie zajmuje czas i wymaga poświęcenia dodatkowej uwagi.
Wysyłka formularzy również wiąże się z wieloma problemami. Przeszkodą może być chociażby zmiana nazwiska dłużnika lub błąd w zapisie nazwiska dwuczłonowego, co skutkuje nieprawidłową wysyłką dokumentów. W konsekwencji, proces przesyłania dokumentów trwa dłużej niż powinien, co wiąże się z utratą czasu i dodatkowymi kosztami.
Podczas wysyłki lub odbioru korespondencji z Urzędu Skarbowego konieczne jest logowania się za pomocą konta zaufanego lub korzystanie z bankowości internetowej, podanie kodu weryfikacyjnego z wiadomości SMS powoduje utrudnienie z oddelegowaniem tej pracy na pracownika.
Ostatnim, zarazem budzącym wiele kontrowersji jest fakt naliczania kosztu korespondencji za wysyłkę wniosku oraz zajęcia, której żadne przepisy nie normują, ponieważ jest to koszt obsługi modułu wysyłki, a nie koszt samej czynności pobierany przez e-US jak to jest w przypadku np. zajęć rachunków bankowych w OGNIVO.
Pomimo tego, że mija już miesiąc od wdrożenia, nadal pojawiają się błędy, ale coraz częściej wiadomo już z czego mogą one wynikać. Z każdą aktualizacją sytuacja wydaje się poprawiać. W dalszym ciągu pozostaje czekać na pełną stabilizację i możliwość cieszenia się nowym usprawnieniem pracy kancelarii komorniczej.